Исследователи проанализировали геном коронавируса с помощью спектроскопии ядерного магнитного резонанса (ЯМР-спектроскопия) и обнаружили, что 15 фрагментов образуют независимые вторичные структуры, которые потенциально могут играть роль карманов, связывающих лиганды — атомы и молекулы, которые соединяются с нуклеиновыми кислотами. В течение всего 2020 года эти сегменты очень редко подвергались мутациям.
Ученые собрали библиотеку веществ из 768 простых молекул, которые могли взаимодействовать с 15 сегментами РНК, и проанализировали результат с помощью ЯМР-спектроскопии. В ЯМР-спектроскопии молекулы сначала маркируются атомами особого типа (стабильные изотопы), а затем подвергаются воздействию сильного магнитного поля. Ядра атомов возбуждаются коротким радиочастотным импульсом, и по спектру излучения можно определить структуру РНК и белка, а также то, как и где связываются небольшие молекулы.
В результате удалось идентифицировать 69 небольших молекул, которые связывались с 13 из 15 сегментов РНК. При этом три молекулы специфически связываются только с одним сегментом РНК. Благодаря этому ученые смогли показать, что отдельные сегменты генома SARS-CoV-2 очень подходят в качестве потенциальной структуры-мишени для лекарств, блокирующих репликацию коронавируса в зараженной клетке.