Пациентка, обозначаемая как С, была больной неходжкинской B-клеточной лимфомой и получила положительный тест на коронавирус в апреле 2020 года, а первый отрицательный тест был получен почти через год — в марте 2021 года. За это время женщина несколько раз страдала от серьезных симптомов, включая жар и воспаление легких.
Ученые проследили за эволюцией SARS-CoV-2 в организме пациентки с помощью полногеномного секвенирования и филогенетического анализа, которые подтвердили, что все это время женщина страдала от одной и той же инфекции. За год вирус претерпел 40 мутаций, что намного быстрее, чем это происходит в популяции. SARS-CoV-2 адаптировался к организму одного человека, улучшая свою способность выживать и быстрее размножаться. Некоторые мутации затронули S-белок и были аналогичны тем, что наблюдались у других пациентов.
Ранее считалось, что мутации в S-белке закрепляются в ответ на действие нейтрализующих антител, однако пациентка С не имела В-лимфоцитов, и у нее почти отсутствовали антитела IgG. Кроме того, многие мутации пришлись на белки, которые не находятся на поверхности вирусной оболочки. Это объясняется тем, что у пациентки все еще действовал Т-клеточный иммунитет, который способен распознавать любые белки, закодированные в геноме вируса. Таким образом, SARS-CoV-2 приобрел защиту, позволяющую вирусу противостоять только той части иммунитета, которая сохранилась у больной.
Ученые подтвердили, что мутации, накопленные вирусом, позволяли ему направленно уклоняться от презентации антигенов аллелями главного комплекса гистосовместимости (ГКГ) пациентки, делая Т-клеточный иммунный ответ неэффективным. ГКГ презентует чужеродные молекулы Т-клеткам для распознавания и последующего уничтожения патогена. Вероятно, новые штаммы, которые отличаются повышенной сопротивляемостью к антителам, также могли возникнуть и быстро накопить мутации в организме людей с ослабленной иммунной системой.