Инспектирование всей станции позволило выявить наличие в российском космическом аппарате отверстие, возникшего вследствие какого-то внешнего механического воздействия, скорее всего, сверла (самое первое предположение). Само отверстие обнаружил немецкий космонавт Александр Герст.
Российские космонавты Олег Кононенко и Сергей Прокопьев 11 декабря вышли в открытый космос, чтобы взять образцы материалов с поверхности бытового отсека «Союза». Работа заняла более семи часов. Космонавтам пришлось ножом и ножницами по металлу вскрыть обшивку корабля. Чуть позже, при смене экипажа МКС, образцы были доставлены на Землю на том же корабле, после чего были переданы для анализа следователям.
Согласно последним данным, госкорпорация «Роскосмос» пока не обращалась в компетентные органы для возбуждения уголовного дела в связи с появлением отверстия от сверла в бытовом отсеке космического корабля «Союз МС-09», сообщил журналистам гендиректор «Роскосмоса» Дмитрий Рогозин. По словам главы госкорпорации, для этого пока очень мало доказательств.
«Для окончательных выводов доказательств недостаточно, даже тех, что были собраны при выходе космонавтов в открытый космос. Возможно, потребуются дополнительные эксперименты на орбите», — цитирует Рогозина «Интерфакс».
Как именно появилось отверстие в российском модуле — загадка. Среди версий появления на корабле «Союз» выдвигались производственный брак, намеренное повреждение обшивки американским астронавтом, столкновение с микрометеоритом и космическим мусором (последнее маловероятно поскольку вид отверстия указывает на то, что делалось оно изнутри).
Внутренняя комиссия РКК «Энергия» (предприятие, где производятся корабли «Союзы») не смогла установить причину в технологической цепочке на Земле, поэтому в середине сентября «Роскосмос» сформировал спецкомиссию.