Останки, обозначенные как RV 2039, принадлежали мужчине 20-30 лет. Они были обнаружены в конце XIX века в Инчукалнском крае в Латвии, однако потом были временно утеряны вплоть до 2011 года, когда их обнаружили в коллекции немецкого антрополога Рудольфа Вирхова (Rudolph Virchow). На месте захоронения также нашли останки еще трех человек, принадлежавших, скорее всего, одной и той же группе охотников-собирателей.
Исследователи проанализировали образцы тканей зубов и костей черепов всех четырех человек, чтобы секвенировать их геномы, и затем протестировали на наличие бактериальных и вирусных патогенов. Они выявили генетический материал Y.pestis внутри костей RV 2039 и затем реконструировали геном бактерии и сравнили его с геномами других древних штаммов. Оказалось, что чумная палочка является частью линии, которая произошла семь тысяч лет назад, всего через несколько сотен лет, когда Y.pestis разошелся со своим предком Yersinia pseudotuberculosis.
Ранний штамм характеризуется отсутствием нескольких генов, характерных для того варианта, что вызвал средневековую пандемию, унесшей жизни половины населения Европы. Например, в нем отсутствует ген, который способствует переносу микроорганизма от блох к человеку и формированию бубонов у больных людей при бубонной форме заболевания. Такой тип переноса через блох также требует смерти человека-хозяина, после чего насекомые начинают переходить на других людей, распространяя патоген. Для возникновения этой адаптации чумной потребовалось больше тысячи лет.
Неизвестно, какие симптомы болезни испытывал RV 2039. Бактерии поселились в его кровотоке, и, скорее всего, он умер от бактериальной инфекции. Высокая инфекционная нагрузка кровеносных сосудов связана именно с менее агрессивной формой заболевания. Люди, которые были погребены рядом с зараженным, не имели признаков инфекции, поэтому вряд ли чумная палочка передавалась воздушно-капельным путем. Скорее всего, заражение произошло через укус грызуна и не распространилось на окружающих его людей.
Открытие противоречит утверждениям некоторых историков, согласно которым возбудители чумы эволюционировали в городах около Черного моря, в которых проживало более 10 тысяч человек. Однако пять тысяч лет назад крупных поселений еще не существовало, а сельское хозяйство в Центральной Европе только начинало развиваться. Оно также позволяет отвергнуть гипотезы о том, что чума стала причиной значительного сокращения населения в Западной Европе в конце новокаменного века.