Управление президента по приграничному сотрудничеству было создано в октябре 2018 года. Оно было преобразовано из управления по сотрудничеству с государствами — участниками СНГ, частично признанными Абхазией и Южной Осетией.
В том же месяце политолог, директор Центра политической конъюнктуры Алексей Чеснаков рассказывал РИА Новости, что в новом управлении создан департамент по сотрудничеству с Украиной. По его словам, управление курирует помощник президента России Владислав Сурков, который и инициировал реорганизацию этой структуры.
«Вряд ли это сотрудничество сильно радует киевский режим, но оно будет продолжено в том же духе и в том же стиле», — отмечал Чеснаков, подчеркивая, что украинское направление остается в ведении Суркова.
Алексей Филатов до повышения был заместителем начальника этого управления. На этой должности чиновник, как писал в апреле РБК, курировал самопровозглашенные Донецкую и Луганскую народные республики. Тогда же издание сообщило, что Говорун вскоре покинет пост куратора Украины в Кремле.