Среди проектов, связанных с Эстонией, Европейский союз также поддерживает этим решением модернизацию управления воздушным движением и покупку нового ледокола.
Эстония также получит субсидию на строительство зарядных станций Виртсу и Куйвасту AS Saarte Liinid (3 млн евро).
В целом, Европейская комиссия отобрала 107 проектов транспортной инфраструктуры, которые получат 6,2 млрд евро пособий из Фонда соединения Европы (CEF).
В финансирование проекта Rail Baltic в Эстонии входит строительство основных железнодорожных конструкций, гражданских зданий, подъездных дорог и переездов на нескольких участках трассы, например переезды от Лооне до Алу, от границы Харьюского уезда до Лооне и т.д. Кроме того, строительные работы на участке Юлемисте-Соодевахе, услуги по строительному надзору, а также приобретение земли под главную трассу и сопутствующие процедуры.
В Латвии предусмотрено строительство железнодорожной трассы и дорог, инфраструктуры проекта в районе Рижского международного аэропорта, продолжение строительства Рижского центрального вокзала и начало первого этапа строительства депо по обслуживанию инфраструктуры в Иецаве, а также приобретение земли и закупка услуг по строительному надзору.
В Литве с помощью полученных из следующего соглашения о финансировании средств покроют строительство основного участка трассы от Каунаса до границы с Латвией, а также приобретение земель и связанные с этим процедуры.
Вместе с недавно утвержденным дополнительным финансированием, проект Rail Baltic получил в общей сложности около 2,7 млрд евро из CEF и государственного финансирования.