Создание карты началось с того, что учёные Гарвардского университета получили совсем крошечный кусочек мозга 45-летней женщины с лекарственно-устойчивой эпилепсией: для излечения медик и удалили ей левый гиппокамп, провоцировавший припадки (к слову, хирургам пришлось захватить и часть здоровой мозговой ткани, покрывающей гиппокамп). Полученный участок ткани мозга эксперты законсервировали, пропитали смолой для придания жёсткости, затем нарезали образец на слои толщиной 30 нанометров и просканировали каждый слой электронным микроскопом, после чего собрали изображения в трёхмерную модель.
Визуализация охватывает 50 тысяч нейронов и 130 миллионов входящих в нейроны контактов (синапсов), занимая 1,4 петабайта памяти - при этом всё это умещается примерно в один кубический миллиметр мозговой ткани. Магнитно-резонансный томограф отобразил бы этот объём одним пикселем (для сравнения: даже мышиный мозг почти в тысячу раз больше визуализированного участка). В мозге человека в общей сложности насчитывается не менее 86 миллиардов нейронов и такое же количество не-нейронных клеток - число соединений между ними до сих пор точно неизвестно (по предварительным оценкам, их насчитывается около 100 триллионов).