В 1882 году Джонатана вместе с несколькими другими черепахами его вида привезли с родных Сейшельских островов на затерянный в Южной Атлантике остров Святой Елены, где поселили на территории резиденции местного губернатора. Там Джонатан благополучно обитает вот уже 141 год.
На момент прибытия на остров Джонатан уже достиг половой зрелости, то есть ему было не менее 50 лет от роду, поэтому принято считать, что он вылупился из яйца примерно в 1832 году. Но вполне возможно, что Джонатан уже прожил 200 лет и даже перевалил на третью сотню. Во всяком случае, он несомненный долгожитель не только с точки зрения человеческой продолжительности жизни, но и с точки зрения его вида — сейшельские черепахи живут в среднем 150 лет.
По мнению уже давно присматривающего за Джонатаном ветеринара Джо Холлинса, если его подопечный и не дожил еще до 200-летнего возраста, у него есть все шансы это сделать — кроме потери обоняния и зрения, старик не демонстрирует никаких признаков увядания. Хотя мир вокруг Джонатана меняется (даже трудно представить, скольким событиям в истории человечества эта черепаха была современником), сам он, по большей части, остается прежним.
У Джонатана сохраняется отличный аппетит — он обожает капусту, огурцы, морковь, салатные листья, яблоки и другие сезонные фрукты, особенно бананы, хотя те склеивают ему пасть. По словам Джо, типичный день Джонатана проходит в очень неспешном, расслабленном ключе. Он любит солнце, но в жару предпочитает тень. Когда не слишком жарко, старик принимает солнечные ванны — вытягивает из-под панциря свои длинные лапы и шею, чтобы как следует прогреться. В зимние холода Джонатан зарывается в кучи опавших листьев или сена и проводит так целые дни.
Компанию Джонатану сейчас составляют три другие сейшельские гигантские черепахи — Дэвид и Эмма, которым примерно по 55 лет, и 32-летний Фредерик. По словам Джо, несмотря на преклонный возраст, у Джонатана все еще хорошее либидо, и он до сих пор регулярно пытается спариться с Эммой и Фредериком, которого из-за этого даже поначалу считали самкой и звали Фредерикой.