Согласно современным палеонтологическим и генетическим исследованиям, утрата конечностей у змей, произошедшая примерно 100–150 миллионов лет назад, вероятнее всего, была связана с адаптацией их предков к роющему образу жизни, а не к водной среде.
Изучение окаменелостей древней змеи Dinilysia patagonica показало, что строение её внутреннего уха имеет ключевые сходства с современными роющими рептилиями. Это указывает на подземный образ жизни как на основной эволюционный драйвер.
На молекулярном уровне этот переход обеспечивался комплексом генетических изменений, в частности утратой участков в гене PTCH1, который играет критическую роль в развитии конечностей, а также модификациями в регуляторных областях гена Sonic hedgehog (SHH), выступающего в роли главного генетического «переключателя» формирования зачатков конечностей.
У примитивных змей, таких как питоны и удавы, этот процесс останавливается на эмбриональной стадии, оставляя рудиментарные костные выступы возле клоаки. У более продвинутых видов даже эти следы полностью исчезают.
Глубокая генетическая перестройка, направленная на совершенствование способности к рытью, оказалась чрезвычайно успешной эволюционной стратегией. Она позволила змеям, несмотря на отсутствие ног, диверсифицироваться и заселить практически все экосистемы планеты, сделав их одной из самых многочисленных групп рептилий.
